Köztudomású volt, hogy Gusztáv-Adolf követei járnak Rákóczinál, és Magyarország trónjának elnyerésével kecsegtetve igyekszenek őt actióba vonni. És bár ő megnyugtató biztosításokat küldött Bécsbe, ott azoknak senki sem adott hitelt. A magyarországi kormányférfiak körében is mindenki biztosnak hitte, hogy a kedvező alkalmat meg fogja ragadni, és hogy a király részéről sikeres ellenállásra találni nem fog. Pázmány már biztos helyről gondoskodott, hová Nagyszombatból elvonuljon, és a komáromi erősséget szemelte ki menhelyül. Egyszersmind rábirta a királyt, hogy Rákóczi némely ujabb igényeit elégítse ki, és eczélból tárgyalásokat indítson meg vele.
Épen ekkor következett be a svéd király hősi halála a lützeni csatatéren. (1632. november 6.) Ezen esemény hatása alatt, Rákóczi örömmel karolta föl a bécsi ajánlatokat. A két fél biztosainak találkozási helyül Eperjes jelöltetett ki.
Pázmány hű maradván politikájához, befolyását mindkét félnél arra használta föl, hogy a béke föntartását és megszilárdulását biztosítsa. « Mert akarnám – írja Rákóczihoz intézett egyik levelében – ha ezt a kevés magvarságot jobb időre tartanók és egymást ne fogyatnók; kitudja talán Isten könyörűl romlott hazánkon, és a természet szerint való ellenségtől (a töröktől) megmenti.»
Míg ekként Rákóczi előtt a magyar nemzet érdekeit hangoztatta; a bécsi udvarnál oda hatott, hogy a fejedelem által kivánt munkácsi és mádi uradalmak átengedését ne tagadják meg. « Az én nézetem szerint – írja a királynak – Magyarország békességét fönn kell tartanunk, bármily áldozattal járjon is; főleg míg Németországban a háború foly. A magyarországi protestánsok körében olyan nagy ingerültség uralkodik, hogy ezen oldalról komoly veszély fenyeget. Felséged ne hallgasson azokra, kik nem riadnak vissza attól, hogy Magyarországban háborút támaszszanak, és így felséged bonyodalmait szaporítsák. »
Mindazáltal Rákóczi kívánatai lényeg és forma tekintetében olyanok voltak, hogy azok elfogadására a királyi biztosok nem érezék magokat följogosítva, és újabb utasításért folyamodtak. A király pedig Pázmány és Esterházi tanácsát kérte ki. Ezek ez alkalommal is ellentétes álláspontot foglaltak el. A nádor azon meggyőződésben volt, hogy ha Rákóczi kívánatait most teljesítik, csakhamar újabb igényekkel fog előállani, és a békesség soha sem lesz biztosítottnak tekinthető. A prímás ellenben azt hitte, hogy a fejedelmet meg lehet nyerni, és egyébként is a jelen időpont nem alkalmas a fejedelem és a porta ellen háború indítására.
A király nem tudta magát elhatározni, és ápril első napjára Bécsbe hívta magyar tanácsosait. Pázmány ezen alkalommal terjedelmes emlékiratban fejtette ki nézeteit, melyek a helyzet világos fölfogása és az összes érdekek számbavétele, éles logika és szabatos formulázás által az ő magas színvonalon álló politikai képességeit hirdetik.
Elismeri, hogy Rákóczi magatartásával arra szolgáltatott okot, hogy a király megfenyítse; ellenben jutalmazva őt, talán újabb merényekre fogja buzdítani. Mindazáltal a tényleges viszonyok között, tekintetbe véve a német birodalom válságos helyzetét, hacsak egy esztendőre is vissza lehet tartani az ellenséges föllépéstől, érdemes engedményeket tenni neki. De még ha Németországban a béke helyre is áll, a birodalom és az örökös tartományok ereje teljesen föl van emésztve, amiért is a török háborút minden áron távol kell tartani. A tengeren, a szélvész megszüntével a hullámok zajlongása még több napig tart; hasonlóképen az államokban a háború befejezése után, megújulásának veszélye nem enyészik el; a hamu alatt tovább ég a parázs és könnyen lángra kap. És miként a hosszú betegség után az arcz halványsága és az erők kimerűltsége jobban szembetűnik; az államokban csak a béke létrejötte után érezhetők teljesen a háború vészteljes utóhatásai. Ezért a jólelkű uralkodók mindig azon voltak, hogy népeik a béke áldásait időnként élvezhessék.
A király a részletekre nézve Pázmány javaslatait elfogadta, kivéve Munkácsra vonatkozólag, melynek átengedésétől vonakodott. De a fejedelem viszont kijelentette, hogy kívánatáról nem mond le. Pázmány ekkor még hathatósabban ismételte tanácsát. « Munkács váráért – úgy mond – Magyarországra háborút vonni nem szabad. Rákóczi azt hiszi, hogy ha ő Munkácsról lemond, azt a nádor kapja meg; már pedig készebb a végletekig menni, mint megengedni, hogy az a vár a nádoré legyen, kinek szomszédságától retteg. Ha pedig támadásra szánja el magát, a magyarországi rendek kevés kivétellel mind hozzá csatlakoznak, és ellenállás nélkül nyomúlhat Nagyszombatig, innen Morvába! »
Ezen komoly fölszólalás nem tévesztette el hatását. A király új utasítást küldött Eperjesre, és Pázmány tanácsára nehány nap mulva aláirta az egyességet, kiállította az amnestiáról szóló okmányt. De épen azon körülmények, melyek Bécsben az engedményeket kierőszakolták, a fejedelmet követelőbbekké tették. A harcztérről érkezett hírek, az ellenség előnyomulása Sziléziában, a svéd diplomatia újabb fondorlatai, békés hajlamait megingatták. Május közepe táján újabb alkudozást kezd a svédekkel, és török-tatár hadakat vár.
Most már nem elégedett meg azzal, mit részére az eperjesi megállapodások biztosítottak, s azoknak némely pontjai ellen kifogást tett. Ezen váratlan bonyodalom az udvarnál nem csekély megdöbbenést okozott. A király és tanácsosai határozatlanok voltak; haboztak kimondani az eldöntő szót. A külpolitikai viszonyok alakulását kívánták bevárni. Ezért az eperjesi biztosok egy hónapon át várakoztak a királyi resolutióra.
Időközben Esterházi Miklós egy magánügy időszerűtlen szőnyegrehozásával majdnem nyilt összeütközést idézett elő. A nádor Rákóczi által kiállított, 10 ezer tallérról szóló kötelezvénynek volt birtokában, és habár a fejedelem azt állította, hogy az összeget kifizette, k. iratot eszközölt ki magának, mely fölhatalmazta, hogy a követelést Rákóczi magyarországi jószágaiból birói karhatalommal hajtsa be. Mire június első napjaiban Szepesmegye által a fejedelem ledniczei jószágát foglaltatta el. Ez természetesen nagy mértékben fölingerelte Rákóczit, ki biztosai által Eperjesen óvást emelt, és repressáliákról gondolkodott. Tudatta Pázmánynyal, hogy oltalmazni fogja jószágait. « Ennyi hatalmas ellenségi lévén fönn ő felségének – írja – talán mi is lehettünk volna ő felségének akadályára. Mi csaknem földig alázván magunkat az ő felsége kívánságinak is nagy részint alábocsátottuk magunkat és magunk privatumánál fölebb becsülvén az ő felségével való békességünket, szegény hazánk s nemzetünk megmaradását, romlásának eltávoztatását, holott bizony higye kegyelmed, most is sok felől való ingerlések, izenetek, irások forognak körülöttünk, azt követtük, a mi a jó egyességet fölépíthetné. Ha azért palatinus uram mégis tovább kezd menni és procedálni, mi is a szerint kezdjük oltalmazni jószágunkat: sem frigytörésnek, sem ő felsége ellen való dolognak ne vélje, itélje és magyarázza senki, hanem magunk becsületének és jószágunknak oltalmazásának ismerje. Ha mi romlás, pusztulás, keresztény vérontás ebből fogna kerekedni, adjon az Úristen és ő felsége előtt számot az róla, a ki oka leszen.»
Pázmány mindent megtett, hogy a nádor elhamarkodott föllépéséből keletkezett bajoknak elejét vegye. Közbevetésére a király a perlekedő felek között egyességet hozott létre.
Ezen kellemetlen episod után június vége felé az eperjesi alkudozások megújultak; anélkül azonban, hogy előrehaladnának. A fejedelem nem akart engedni. A király tanácsosai a további engedékenységet az ország becsületével és a király tekintélyével nem hitték megegyeztethetőnek. Előterjesztésök alapján a király arra határozta el magát, hogy nem enged. És biztosai kijelentették Eperjesen, hogy a király a megállapíttatott föltételektől el nem tér, vagy legfölebb azon engedményre kész, hogy a vitás ügyek eldöntése a törvény útjára bocsáttatván, azok mellőzésével köttetik meg a béke.
Rákóczi szilárd volt. A propositiót elvetette. Eként már-már kényszerítette a királyt, hogy az alkudozásokat meg szakitsa. Esterházi sürgette ezt, s háborút javasolt.
De Pázmány áthatva a józan politika és a keresztény humanitás szellemétől, ennek most ismét méltó tolmácsa vala Túrócz bérczei közől, hol a magányban üdülést keresett, és a honnan ép oly világosan látta át az erdélyi politika téveteg útjait, mintha a bécsi titkos tanácsban ült volna. «Az erdélyi fejedelem eljárása – írja a királynak – tisztán mutatja, hogy határozatait a körülményekhez szabja; mikor felséged veszteségeiről értesült, bátorsága növekedett és az alkudozásokat halogatni igyekezik; vagy azért, hogy nagyobb engedményeket csikarjon ki, vagy hogy szakíthasson, ha a külesemények kívánatossá teszik. Mit kelljen most tenni, arra nézve nagy zavarban vagyok. Azt biztosan tudom, hogy a megyei fölkelés nem elégséges Rákóczi megfékezésére. A birodalmi hadból küldhetni-e alkalmas sereget Magyarországba, azt nem tudom. Kihirdetni a fölkelést, ellenségnek nyilvánítani Rákoczit, mielőtt kihágásainak megboszulására képesek lennénk, nem tanácsos. Nagyon ajánlom tehát felségednek, hogy ha csak lehet, ne szaporítsa ellenségei számát, és az erdélyi összeütközés alkalmából török háborút ne vonjon magára.» Mindamellett javasolja, hogy a király határozott és méltóságteljes hangon írjon a k. biztosoknak, kik a levelet eredetiben mutassák elő az erdélyieknek. A levél az ő fogalmazványában így hangzik: «A király megütközését fejezi ki a fejedelem eljárása fölött, melyszerint minduntalan új követelésekkel lép föl. Ezeket nagy részben nem tőle függ teljesíteni; magánosokat nem kényszeríthet s nem is akar kényszeríteni; ha a fejedelem velök tárgyalni kíván, tetszésétől függ. Ezekután, ha a fejedelem biztosai hajlandók elfogadni a megállapított (május 6-iki) békeokmányt, jól van; de más békeokmányt nem fog kiállítani, újabb alkudozásokba sem bocsátkozik, mivel látja, hogy a fejedelem alkalmat keres az alkudozásokat végnélkül halogatni. »
A prímás levele súlyos tehertől könnyíté meg a király habozó lelkét. Tanácsosai meg voltak oszolva; az egyik rész az alkudozások megszakítását s a háború megindítását sürgeté, a másik engedékenységet javasolt. Mindkettő heteken át ostromolta előterjesztéseivel , anélkül , hogy határozatlanságából kiragadni képes lett volna. Pázmány közvetítő javaslatai megnyerték tetszését s egész terjedelmökben elfogadta azokat. Eperjesi biztosainak levelet irat, mely a prímástól nemcsak eszméit, hanem szavait is kölcsönzi.
A királyi biztosok Eperjesen sietnek bemutatni a vett k. iratot Rákóczi képviselőinek. Ezek, az erőteljes szavakból meggyőződtek, hogy a király engedékenysége végső határait érte el. Mivel pedig utasítva voltak, hogy a tárgyalások eredménytelen megszakítását kerűljék, fölhagytak követeléseikkel, és megnyugvásukat fejezték ki a királyi határozat fölött. A május 6-án elfogadott előleges egyességet mindkét rész biztosai nehézség nélkűl megerősítették, és szeptember végnapjaiban létrejött az eperjesi békekötés.
Amint a béke létrehozása nagy részben Pázmány fáradozásainak eredménye volt, úgy megszilárdítása és állandósítása is folytonos gondoskodásának tárgyát képezte. Szivélyes vonatkozásai Rákóczihoz mindinkább a benső barátság jellemét nyerték. Sűrűn járatnak egymáshoz futárokat és váltanak leveleket, ezek részére titkos jegyeket állapítva meg.
Rákóczi csakhamar oly helyzetbe jött, hogy Pázmány jóakarata reá nézve újabban nagy fontosságot nyert.
A szultán 1634 tavaszán háborúra készült a lengyel király és a moldvaországi vajda ellen. Rákóczit is fölhívta, hogy hadaival a török sereghez csatlakozzék. Rákóczi el volt határozva, hogy a keresztény fejedelmek, egyúttal szövetségesei, elleni háborúban nem vesz részt; de a szultán haragját sem akarta magára vonni. Nehéz helyzetében Pázmányhoz fordúlt tanácsért. Ez azt javasolta, igyekezzék meggyőzni a portát, hogy hadait nem vezetheti ki Erdélyből, mert ha ezt tenné, a király az alkalmat fölhasználná a tartomány megtámadására. És oly tervvel lépett föl, mely nem kevésbbé bizonyítja találékonyságát, mint szolgálatkészségét. Hogy Rákóczi a portán elhitethesse, hogy a király részéről fenyegetve van, II. Ferdinándot némi színlelt fegyveres mozgalmakra igyekezett birni.
Azonban a színlelt «rözgőlődés»-ből csaknem komoly összeütközés keletkezett. Esterházi nádor a titokba nem volt beavatva. Mikor Rákóczi fegyverkezéseiről értesült, úgy vélte, hogy Magyarország ellen vannak irányulva, és közfölkelést hirdetett a megyéknek. Csak Pázmány erélye – bár sok személyes kellemetlenség árán – volt képes elhárítani a veszélyt, melyet a nádor túlbuzgalma már-már fölidézett.
Pázmány a következő (1636.) évben is több szolgálatot tett Rákóczinak. Viszont a fejedelem sem fukarkodott hódolatának biztosításával, és különösen a keleti híreket megjelentve, igyekezett hűségét tanusítani. «Ő Felsége igen kedvesen vette – írja neki egy alkalommal Pázmány – és én általam köszöni ezt a confidentiát; minden jóakaratát ajánlván kívánja, hogy félbeszakadás nélkül végig continuálja kegyelmed azt e jóakaratot és senki szavára avagy bátorítására oly dolgot ne cselekedjék kegyelmed, amivel Isten és az igazságos végezés megbántódjék.»