1597-ben az aranygyapjas rend díszjeleinek átvétele végett Prágába utazott a császárhoz s ekkor azzal a kijelentéssel lepte meg az udvart, hogy az erdélyi fejedelemségről lemond, nejétől elválik és az egyházi rendbe lép. Bámulat fogta el erre a nyilatkozatra az egész udvart, a császárt pedig még ezen felül mély keserűség is, hogy az ő hugát elhagyja. Azonban saját sérelmét elfojtva, tárgyilagos okokkal kezdte őt kérlelni, hogy hagyjon fel terveivel. Szemei elé állította Erdély erejét, gazdagságát, legújabb diadalaival kivívott fényét, a pápa és az összes 199keresztény fejedelmek lelkesedő érdeklődését. Mindez nem használt semmit sem; Zsigmond elhatározása megmásíthatatlan volt. A szerződést megkötötték oly feltétellel, hogy Báthory a Rudolf részére átengedett Erdélyért cserében kapja Oppelnt és Ratibort és évi 54,000 aranyat, s azonkívül, ha pappá lesz, a császár a bíborföveget is megszerzi számára. A szerződés megkötése után, a király követeivel együtt, kik között Istvánffy történetíró is szerepelt, Erdélybe utazott, hogy az országot átadja. Itt nagy volt a rendek megdöbbenése a megfejthetetlen elhatározás fölött; de részint a személye iránt való tisztelet, részint a tőle való rettegés minden önálló elhatározást lehetetlenné tett; letették a hűségesküt a császár, mint magyar király iránt. Ez alkalommal Zsigmond keserűen kifakadt kanczellárja, Jósika István ellen és azzal vádolta, hogy titokban összeesküdött Mihály vajdával és lehetetlenné akarja tenni az ország átadását. Ezután elfogatta és Székely Mihály várparancsnokhoz Szatmárra küldte, hol mint árulónak a piaczon a hóhér pallosa oltotta ki életét. Zsigmond azután nejétől, kit addig Kőváron, a világtól távol, csaknem fogságban tartott, elbúcsúzva, új herczegségébe ment. Alig töltött ott néhány hónapot, váratlanúl ismét visszatért Erdélybe és Bocskay István segítségével még ugyancsak 1598-ben augusztus 20-án a kormányt ismét átvette. Nejével kibékült, a császár követeit elfogatta s azután egyszerre mind a törökkel, mind Rudolffal alkudozásokba bocsátkozott. Míg azonban a temesvári basától szidalmaknál egyebet nem kapott válaszúl, a császár megbízottja, Miksa főherczeg, hajlandó volt a békére, ha a követeket a fogságból kibocsátja és Szatmárra kísérteti. Így is történt. Az év hátralevő részén a bekövetkezett általános zavarban mindenütt folyt a harcz. A törökök Váradot, a császáriak Budát ostromolták, mindkét részről sikertelenül. Ugyanazon időben a törökök bújtogatására tatárok özönlötték el a Tisza mellékét. A szegény, védtelen nép mindenét elhagyva, részint Szatmár falai, részint Erdély bérczei között keresett menedéket.