Miután Pianell tábornok az osztrák tartalék-gyaloghadosztály Monzambano felé előretört részeinek visszaverése után a már említett okokból további előnyomulás helyett a Monte Vento és Monte Sabione megszállásával megelégedett, az aggodalmaskodó Sirtori pedig a s. luciai magaslatokat kényszerítő szükség nélkül odahagyta, amelyeket aztán a Möring- és Bauer-dandárok nyomban megszállottak, sőt a Möring-dandár d. u. 4 óra tájban már a Monte Mamaor birtokába is jutott, e szárnyon még csak némi friss erőkkel végrehajtott hatalmas lökéssel hamarosan igen könnyen kedvező végső döntést lehetett volna elérni. Igaz, hogy ugyanez időtájt a valamivel előbb a középen elszigetelten támadó és majdnem egészen elvérzett 3 osztrák dandár feltartóztatlan visszavonulásban volt ama helyek felé, ahonnan kiindultak, de viszont ezeket az olaszok tovább nem bántották s minden üldözés nélkül hagyták őket visszavonulni. Ilyenformán az osztrák főhadiszálláson nagyon is megfontolás tárgyát képezhette, sőt bizonyára képezte is, nem volna-e legcélszerűbb, a még rendelkezésre álló intakt erőket, a hadseregtartalékot, vagy legalább annak javarészét a jobbszárnyon Valeggio irányában latbavetni, hogy az eredeti elgondolás és terv értelmében a döntés itt, e szárnyon idéztessék elő. Ámde a Szécsi id. m. 122–123. oldalán foglalt mérlegelést idézve, a főherceg „megdöbbenve látta, hogy a keleti szárnyon immár 3 dandára vérzett el eredménytelenül és ugyanazon szárnyon még mindíg egy egész ellenséges hadtest állott (Della Rocca Villafrancánál), melynek csak akarnia kellett és Sommacampagna elfoglalásával az osztrák hadsereget még a Mincio partján kivívott előnyök után is, igen válságos helyzetbe hozhatta volna. A csata folyamán nem is lehetett olyan tisztán tudni, miért áll Della Rocca oly mozdulatlanul 2–3 hadosztállyal Villafrancánál, mint azt most tudjuk. Sőt az olasz hadsereg támadó szándéka mellett sokkal valószínűbb volt az a feltevés is, hogy az olasz III. hadtest Villafrancaból valami meglepő támadó mozdulatot tervez Sommacampagna ellen, mint az, hogy ott egész nap passzív védelmi állásban vesztegeljen. Így történt, hogy míg Della Rocca Villafrancában minden pillanatban oda várta az osztrák főtámadást, addig viszont Albrecht főherceg minden pillanatban onnan várta az olasz főtámadást. Ez okból nem lehetett az osztrák hadsereg tartalékát Valeggio irányába tolni, ami a győzelmet talán hatásosabbá tehette volna, de viszont nagy veszélynek forrása lehetett; hanem elsősorban a tartalék a csata egyensúlyának helyreállítására volt felhasználandó, ott hol már 3 dandár vereséget szenvedett és az egy ponton összehalmozott nagy ellenséges erők még mindíg nagy veszéllyel fenyegették a csata kimenetelét.” Ehhez képest Albrecht főherceg d. u. 3 órakor a következő intézkedést adta ki: Az V., VII. és IX. hadtestnek. „A IX. hadtest egy zászlóalja és a hadmérnök-század Sommacampagnában marad; ugyane hadtest 3 kipihent zászlóalja, ha Sommacampagnát komoly veszély nem fenyegeti, a jobbszárnyra vonatik. A VII. hadtest d. u. 5 órakor utolsó kísérletet tesz Custoza ellen. Az V. hadtest 5 órakor egy dandárral Custoza ellen nyomul előre. A rohamhoz a hátböröndök leteendők.” – 3 óra 30 perckor a Pulz parancsnoksága alatt álló lovas-tartaléknak: „Ha a lovak még erőben vannak, az 5 órakor Custoza felé irányuló támadásnak az oda felé való előnyomulással nyomatékot kell adni.”
Még mielőtt a fenti hadsereg-intézkedés a hadtestparancsnokokhoz ért volna, ezek úgyszólván megelőzték a főparancsnok szándékát. Mindenekelőtt Maroicic altábornagy, a VII. hadtest parancsnoka, aki fájó szívvel látta a Scudier-dandár visszaveretését, már d. u. 4 óra tájban saját elhatározásából és saját felelősségére előrendelte a Tölpy- és Welsersheimb-tartalék-dandárokat a Belvedere és a körülötte levő magaslatok visszafoglalására, amelyekről a Scudier-dandár visszaveretett. Ezeket a magaslatokat a Govone-hadosztály 9 zászlóalja és 2 lövege tartotta megszállva. Mihelyt a nevezett tábornok az osztrák csapatok közeledését észrevette, erősbítést kért Della Roccatól és amikor az ellenséges tüzérségi tűz az említett magaslatok ellen mindíg hevesebbé kezdett válni, Umberto és Bixio tábornokok kérve-kérték Della Roccát, hogy engedné meg nekik, hogy Govone megsegítése céljából csapataikkal az említett magaslatokra elinduljanak, de a hadtestparancsnok ezt azzal az indokolással tagadta meg, hogy rájuk a visszavonulás biztosítása céljából Villafrancanál van szükség. Mivel ezek szerint az ellenséges tüzérségi tűz által már erősen megviselt csapatok ismételt kérések dacára segítség nélkül maradtak, Govone rövid, heves tűzharc után az állás odahagyását és a Custoza és Val Busa felé való visszavonulást rendelte el.
Legkorábban a Belvedere körül került harcra a dolog, ahol a Töply dandár 43. és 65. ezredei egyetlen rohammal halomra döntötték az ott álló olasz csapatokat és a magaslat, melyet alig egy órával előbb hagyott el a 29. ezred hősiesen viselkedő különítménye, néhány perc alatt halottaktól borítva, ismét, most már harmadszor magyar bakák kezébe került. A megvert ellenség Custozára húzódott vissza, ahol újból ellenállásra készült.
Mialatt Maroicic altábornagy tüzérségének az elfoglalt Belvedere-magaslatra való felvonulásával ott volt elfoglalva, a Welsersheimb-dandár szintén megmászta az említett magaslatokat, s ugyanakkor az V. hadtest parancsnokának rendelkezése folytán a Möring-dandár és a Bauer-dandár 70. ezredének 2. és 3. zászlóalja északnyugat felől oldalba fogta a Custoza-magaslatot, míg a IX. hadtest parancsnoka, a Kirchsberg-dandár 7. ezredét a Monte Croce megtámadására rendelte előre, amelyet Cugia-hadosztálybeli csapatok tartottak megszállva. A 31/2 osztrák dandár központias támadása d. u. fél 5 óra tájban vette kezdetét és a fenti intézkedések folytán kifejlődő harc kivált Custoza birtoka miatt válik kiválóan hevessé, amelyből „bersaglierik, gránátosok, gyalogság, tüzérség torlódva menekülnek; a város sok helyen lángban áll; itt egy kegyelmet kérő csoport, ott egy fogoly-különítmény körülfogva fegyveres katonákkal; feldöntött ágyúk, gazdátlan lovak; sebesültek jajgatása, haldoklók hörgése; a győzők örömrivalgása, a legyőzöttek káromkodása; a puskaropogás, ágyúbömbölés; egyszóval igaz háborús csatakép.” – D. u. 5 óra 45 perckor Govone néhány vezérkari tiszt kíséretében, mint az utolsók egyike, még mindíg a Monte Torren áll és szomorúan nézi csapatainak visszavonulását Coronini, Villafranca és Valeggio felé. Mikor már minden elvonult, maga is sarkantyúba kapja lovát és Villafrancába vágtat, jelenteni Della Rocca hadtestparancsnoknak, hogy Custoza – elveszett.
Mialatt a Möring- és Welsersheimb-dandárok Custozát vívták, a Cugia-hadosztály a Monte Crocet is elvesztette. Mikor t. i. Cugia d. u. 1/24 órakor azt a jelentést kapta, hogy „Veronából nagy ellenséges tömegek jönnek”, Cugia jobboldalát féltvén, a Monte Crocen álló csapatait lerendelte Pozzo Morettára és a hegy hátán csak egy ezredet és a tüzérséget hagyta, mely a szemközti Boscone mellett álló ellenséges IX. hadtestbeli üteggel és az ugyanott álló 7. ezred ellenében működött. Midőn Hartung, a IX. hadtest parancsnoka, észrevette, hogy a Monte Croceról az ellenség kelet felé vonul, azt hátrálásnak tekintette és a 7. ezredet támadásra rendelte a Monte Croce ellen. Az említett ezred 1/25 órakor alászállt a Boscone oldalán és miután hozzá a 66. ezred néhány százada is csatlakozott, nekiment a Monte Crocenak. Az ott álló olasz zászlóaljak nem soká állhattak ellen, hanem harcolva visszavonultak a Monte Torre felé. Itt érte őket Cugia parancsa, hogy vonuljanak vissza Villafrancára, mert, miután Custoza elveszett, a Monte Torre is tarthatatlan. Így a Cugia-hadosztály visszavonult Villafrancára és esti 6 órakor az egész dombcsoport: a Monte Croce, Monte Torre, Monte Molimenti, Belvedere, Custoza osztrák kézen volt.
Pulz ezredes d. u. 5 óra felé kapta meg a hadseregparancsnokságnak a 410. oldalon említett parancsát s nyomban intézkedett, hogy a két dandár Pozza Moretta és Villafranca között előretörve, Valeggiora vonuljon. A Pulz ezredes által személyesen vezetett és az 1. huszárezred 4 és 11. huszárezred 2 századából álló jobb oszlop Pozzo Morettára véve irányt, ott a Cugia-hadosztálynak a Monte Croceról és a Monte Torreról Pozzo Morettán át Villafranca felé rendetlenül visszaözönlő csapataira bukkant, amelyekből mintegy 1000 embert foglyul ejtett. Ezek után Rigyiczky alezredes 21/2 századdal Villafranca felé vett irányt. A város elé érve, több olasz csoport futva eléje ment a huszároknak és önként megadván magukat, arról biztosították huszárainkat, hogy a városban levő csapatok mind hajlandók a megadásra. Ezért Rigyiczky alezredes egyik tisztjét nyomban hadikövetként a Villafrancában parancsnokoló Bixio tábornokhoz küldte, akit az önkéntes megadásra szólított fel. Nevezett tábornok azonban, bár előzékeny formában, de határozottan visszautasította a felhívást és továbbra is megmaradt mindíg idegesebbé váló s így a felbomláshoz hajló csapatjaival Villafrancánál, miáltal nagymértékben megkönnyítette a hadsereg többi részeinek visszavonulását. – Ezalatt a 3. huszár- és a 12. dsidás ezredből álló Bujanovics-dandár is, miután közben vele szembe került 3–4 olasz század az összeütközés elől kitért, Villafranca alá ért, de ott oly heves gyalogsági tüzet kapott, hogy kénytelen volt visszafordulni. – A szenvedett jelentékeny veszteségekre és a lovak nagymérvű kimerülésére való tekintettel Pulz ezredes a Valeggio felé való előnyomulás eszméjét feladva, Rigyiczky alezredest 31/2 századdal Pozzo Morettanál visszahagyva, ő maga a két dandár többi csapatjait ismét Ganfadinera vezette vissza. – Rigyiczky alezredes ama újabb jelentésére, hogy a Villafrancában levő ellenségen látszólag nagy demoralizáció vett erőt, Pulz ezredes este 7 óra 30 perckor újból előrevezeti mindkét dandárt egyenes irányban Villafranca felé, de annak közelében azokat épúgy, mint a Pozzo Morettaról előrerendelt Rigyiczky-csoportot is az olaszok oly erős és hatásos puska- és kartácstűzzel fogadták, hogy nem maradt egyéb hátra, mint hogy lehetőleg gyorsan visszahúzódjék. Még további tevékenységre most már természetesen gondolni sem lehetett. Azonban Bujanovicsnak még mindez nem volt elég; hamarjában összeszedett vagy 30 huszárt, akiknek lovai még némileg jobb erőállapotban voltak és azokkal egy utolsó rohamot intézett az egyik olasz üteg ellen, de egy négyszöget alakított bersaglieri zászlóalj gyorstüzelése lehetetlenné tette a maroknyi hős csapat szándékának végrehajtását. Ez alkalommal Bujanovics ezredes lova agyonlövetvén, ő maga néhány lépéssel az olasz négyszög előtt súlyosan megsebesült. Csak Krisztiányi huszár hadnagy és 1 közhuszár jutott el egészen az ütegig, melyet legénysége elhagyott; Krisztiányi lova is megsebesülvén, elbukott és a hadnagyot maga alá szorította. E védtelen helyzetében néhány felbőszült olasz a szegény tehetetlen hadnagyot szuronnyal össze-vissza szurkálta. Bixio tábornok azonban, aki a jelenet szemtanuja volt, oltalmába vette a védtelen huszártisztet és midőn ettől mint fogolytól, kardját elvették, Bixio e szavakkal adta neki vissza: „Vegye vissza kardját, mert megérdemli, hogy viselje.”
Úgy lovassági, mint gyalogsági üldözés hijján a megvert olasz sereg zavartalanul folytathatta visszavonulását a Mincio mögé. Június 26.-án az olaszok a visszavonulást az Oglión túlig folytatták.
Az osztrák sereg a csata befejeztével nagyjában az éppen elfoglalt területeken maradt és az üldözést a következő napon sem folytatta a Mincionál tovább. Albrecht főherceg a csatazaj elnémulása után törzsével Zerbareba lovagolt s onnan a következő táviratot intézte Ferenc József császárhoz: „Ma előnyomulás közben a Mincio felé a királyi hadsereg egy része által megtámadtatván, hadseregünk harcközben befejezte a megkezdett arcváltást délfelé; rohammal bevette a Monte Ventót és végül 5 óra tájban Custozát. Több ágyút foglaltunk el; sok a fogoly. Részünkön is tetemes a veszteség. – A hadsereg rendkívüli vitézséggel és – dacára a tikkasztó hőségnek, kitartással küzdött; reggel 3 óra óta a csapatok talpon voltak; a legjobb szellemtől vannak áthatva. Főhadiszállás Zerbare, 1866 június 24. Albrecht főherceg.”
A császár elismerő szavait a főherceg másnap a következő hadseregparanccsal adta a hadseregnek tudtára: „Ő Felsége, legkegyelmesebb császárunk az éjjel hozzám a következő táviratot méltóztatott intézni: „Neked és vitéz csapatainknak legmelegebb köszönetemet. – Fegyvertársak! Életem legszebb pillanatának tekintem, hogy nektek ezt a legfelsőbb elismerést tudtul adhatom. – Az ellenség által bűnös kézzel ránk erőszakolt háborút ti a dicső custozai győzelemmel nyitottátok meg, ugyanazokon a magaslatokon, ahol már 18 évvel ezelőtt is döntő győzelmet arattunk. – Én szemtanuja voltam a ti ellenállhatatlan vitézségteknek, dacára az ellenség túlerejének és heves támadásainak. – Ti ágyúkat zsákmányoltatok és foglyokat ejtettetek. – Mindegyiktek hősként küzdött, – egyik fegyvernem sem maradt a másik mögött; mindegyik a maga minőségében az elképzelhető legvégsőt teljesítette. – Ti méltók voltatok a nehéz feladatra, amint azt már előre megmondtam. – Újabb megerőltetéseknek, de ha Isten is úgy akarja, újabb győzelmeknek is megyünk elébe. Főhadiszállás Zerbare, 1866 június 25. Albrecht főherceg, tábornagy.