Mialatt a bihácsi hadművelet folyt, a fősereghez rendelt csapatok még csak útban voltak a kijelölt gyülekező hely, Mohács felé. A felső-magyarországi csapatoknak és részben a külföldi segélyhadaknak ebből kifolyólag szükségessé vált mozgadozásait nagy mértékben késleltette egy a felvidéken kitört hatalmas parasztlázadás. A vallásüldözés, a roppant adóteher és azok a módnélküli zsarolások, amelyeket főleg a császári zsoldosok a föld népén mindenütt elkövettek, végre nyílt fölkelésbe sodorták a parasztságot, melyet Thököly egykorú hívei és a mindenütt nagy számban lappangó szabad hajdúk és kurucok szintén bátorítottak a fegyverfogásra, miből aztán gyakran véres összeütközés keletkezett a katonák és a nép között. Ez történt többek között 1697. május végén a hernádmenti Vizsolyban, ahol a sanyargatott nép összetűzött a Deák-huszárezred ottani maradozóival és egy Sárospatakról odarendelt kisebb különítménnyel. Nagyobb jelentőségűvé a mozgalom azonban csak akkor vált, amikor az elégedetlen parasztság messze földről özönlött a mozgalom vezetőihez, Tokaji Ferenchez és Szalontay Jánoshoz, akik Thököly kapitányainak mondották magukat. Mellettük vezető szerepet játszottak még Pataki Gergely, a pataki fölkelők vezére, Bajusz Gáspár lakatos ugyancsak pataki lakos, Kis Albert, a tokaji Bakos, az „ezüst orrú ember,” Esze Tamás és Kabai Márton elűzött protestáns pap. A július 1-én Ujhelyben tartott vásár alkalmával összesereglett elégedetlenek összevesztek a zsaroló német katonasággal, melyet az ebből keletkezet küzdelemben mind egy szálig levágtak. Azután mindenekelőtt Sárospatakra törtek s az ottani német őrséget is lekaszabolták. Ezek után megvették Nagy-Kállót, sőt a fontos Tokaj várát is. Most aztán a fölkelők a Szerencsen tartózkodó ifjú Rákóczy Ferencet akarták elfogni és arra kényszeríteni, hogy a mozgalom élére álljon, de Rákóczy ezt idejekorán megtudván, sietve Bécsbe távozott. Miután híre járt, hogy a szultán Felső-Magyarországba szándékozik benyomúlni, a mozgalom a bécsi udvart és Jenő herceget is szerfölött aggasztotta, miért is a felvidéken állomásozó s ép indúlófélben lévő császári hadakat ott visszatartották, sőt a mozgalom gyors elfojtása céljából a mohácsi gyülekező hely felé útban lévő Vaudemont herceget lovas hadosztályával, majd a brandenburgi és a dán csapatokat, s végül Pálffy János és Koháry István hajdúit is mind Felső-Magyarországba rendelték, ahol Nigrelli táborszernagy kassai főparancsnok és Károlyi Sándor szatmári főispán tették meg az első intézkedéseket a lázadás gyors elfojtására.
Vaudemont herceg július 16-án érkezett Tokaj alá és bár a vár erődítéseit és védőműveit igen jó karban találta, 500 dragonyosát s 400 vértesét lóról leszállítva, nyomban támadásra rendelte. Az ezt követő rövid harcban a kellő szervezet és vezetés híjján levő fölkelők mintegy 300 ember elvesztése után a fellegvárba húzódtak vissza. Ez ellen Vaudemont bombáit hozta működésbe, miért is az július 19-én szintén megadta magát s a fölkelők egy kis részének sikerült Sárospatakra kiszöknie. Július 20-án a németek ezt a várat is megvették, honnan a fölkelők egy része a rákövetkező éjjel a szalánci hegységbe menekült, Tokajit és Kabait ellenben elfogták, de nem végezték ki őket, hanem külföldi várakba cipelték, ahol sok évi raboskodás után természetes halállal haltak meg. A többieket itthon zárták el; Szeged, Eger és más várak megteltek foglyokkal s Bécsből általában véve enyhe elbánást ajánlottak velük szemben. Jenő herceg július 30-án azt javasolta, küldjék a rabokat sürgősen táborába, hogy gályamunkára használja fel őket.
Augusztus végén a mozgalom újra feléledt, miért is Nigrelli tábornok a dán segélycsapatokat még ekkor sem bocsáthatta el a hadműveleteit időközben megkezdett fősereghez. Épígy nem mert gróf Bussy-Rabutin sem kimozdulni hadtestével Erdélyből, s így ő is csak nagyon megkésve egyesülhetett a fősereggel. Ez a bécsi köröket annyira felbőszítette, hogy most már kiadták a rendeletet, miszerint „minden gonosztévőt felakasszanak, vagy felnyársaljanak, mert e csőcselékre a jóindulat és a kegyelem nincs hatással.” Azonkívül a vármegyéket is mozgósították a fölkelők ellen, akiknek helyzete a hegységben a közeledő télre való tekintettel mind tarthatatlanabbá vált. Egy részük tehát Temesvár felé tört magának utat, míg a másik rész a Thökölytől vett értesítés alapján Szalontay János vezetése alatt Mármaroson át Moldvába vergődött, el ahol Thököly megbízottja báró Orlay Miklós várta s kemény, téli időben Havasföldén át Thökölyhez kalauzolta őket. Ezek szerint sikerült ugyan a fölkelést vérbe fojtani, de azért az csaknem két hónappal késleltette a fősereghez beosztott csapatok gyülekezését.