Budai zsinat, 1791 szept 14. nyilt meg s okt. 13. végződött, összesen tizenöt ülést tartott. Az 1790-91. XXVI. törvénycikk a protestáns egyházak vallásszabadságát - ha nem is teljes mértékben - biztosítván, ugy az ev., mint a ref, egyház sietett a kétegyház vezérférfiai által Pozsonyban tartott egyetemes értekezlet határozata szerint a királyi engedély megnyerése után zsinatot tartani, mely az egyházi kormányzás szervezetét a változott viszonyokhoz s a kor követelményeihez képest megállapítsa. A lutheránusok Pesten tartott zsinata egy időben nyilt meg a budai ref. zsinattal, melyen mint az előjelek után bizton várható volt, amind hatalmasabbá vált kiriárkia és a jóformán csak képzeletben élő hierárkia szelleme küzdött meg egymással. A küzdelem, mely a jogait e zsinat kebelén belül elég erélylyel védni nem biró papság részéről felette nagy hullámokat ugy sem verhetett, az erőszakos és különben is hatalmas világi elem javára dőlt el. Némelyek a lengyel disszidens egyháznak még nem egészen tiz évvel előbb alkotott, de tényleg már is hatályát vesztett törvénykönyvét törekedtek alapjául vétetni a zsinat tárgyalásainak. Őri Fülöp Gábor, sárospataki teol. tanár fordította e végett latinra s adta ki Pataki József, tiszáninneni főgondnok költségén a terjedelmes kódexet, melynek alapelvei azonban teljességgel nem voltak alkalmasak arra, hogy az önállóan és különleges viszonyok közt fejlődött magyar ref., sőt általában akármely protestáns egyházba átültettessenek. Alapeszméje, rendszere s több intézkedése a világiaktól uralt s csupán a világi elnök (előbb id. gr. Ráday Gedeon, majd gr. Teleki József) által vezetett zsinaton mindazáltal elfogadtatott. A zsinat üléseiből néhányat a formaságok és a Sinay ügye foglaltak el s igy voltaképen nem is értek rá a beható tanácskozásokra az egyes fontosabb kérdéseket illetőleg. Hiába volt a Tormásy János által vezetett papi elem minden ellenmondása, avagy tiltakozása: az uj egyházalkotmány, mely főleg a Domokos Lajos eszméi és tervei szerint épült fel, noha látszólag a zsinatpreszbiteri rendszer elveit, első sorban a paritást igyekezett megvalósítani, tényleg arra törekedett, hogy a lelkészek jogait csaknem teljesen átruházza a világiakra. A törvénykönyv öt szakaszra oszlik, melyekben az egyházkormányzás, az egyházi fegyelem, a házasság ügy, az iskolai szervezet és a vagyon-ügy van rendezve. Ám a zsinat müködésének ez az eredménye, melynek szinte egyetlen áldásos törekvését már a zsinati tárgyalások előkészítésében is, a luteránusokkal való szorosabb egyesülés módozatainak megállapítása képezte, soha törvényerőre nem emelkedett, amennyiben királyi szentesítést nem nyerhetett s igy az általa szervezett házassági törvényszékek is halva születtek. Némely más intézkedése ellenben konventi határozatok és kerületi statutumok utján később mégis megvalósult, de az egészet átható kiriarkikus szellem mellőzésével.