Kurner uralom.
Kurner uralom.
De a város békés fejlődése nem tartott sokáig. Némethy Gergely, Bocskay egyik vezére, 1605-ben több ezerre menő seregével megrohanta Szombathelyt, azt a várral együtt bevette. A város polgárai a vész közeledtének hírére menekültek, értékesebb tárgyaikat elrejtették, a városi levéltár iratait és a város szabadalmi okmányait a nagyobb biztosságot igérő német-ujvári várban helyezték el. De óvatosságuknak nem lett meg az óhajtott eredménye, mert egy véletlenül támadt tüzveszély a németujvári várnak épen azon épületét hamvasztotta el, melyben a városi levéltárát elhelyezték s így a város összes iratai, szabadalmi okmányai a lángok martalékává lettek. Némethy Gergely szombathelyi sikere után a sümegi várat vette ostrom alá, de a várat védő császári hadak előtt kénytelen volt visszavonulni szombathelyi szállására. Szombathelyen a pápa olasz zsoldosaival elegyedett harczba s miután azokat visszaverte, hadával Kőszeg alá vonult.
De a hajduvezért nemsokára elhagyta a hadi szerencse; a Dráva mentén a császári hadak részéről érzékeny vereséget szenvedett és az egész dunántuli rész ismét a császáriak hatalmába került. A Bocskay-hajduk levonulásának hirére a szombathelyi polgárok is visszatértek városukba, összegyűjtögették elrejtett vagyonukat, felépítették, kijavitották megrongált házaikat és uj szabadalmi okmányt kértek Napragy Demeter győri püspöktől. Ez a szabadalmi-levél jelenleg a városi levéltár legrégibb okmánya; valamint hogy a legrégibb városi jegyzőkönyv is csak az 1606-ból való. Az ezen évből kelt jegyzőkönyvek mind magyarul szerkesztvék. Szerkesztőjük a városi nótárius volt, kit a XVII. században közönségesen csak diák néven neveztek.
A Bocskay-felkelés után Bethlen Gábor dunántuli hadjárata, majd meg a törököktől való rémület tartotta izgatottságban a város lakóit, akikre később sok terhet rótt a II. Rákóczy Ferencznek 1703–1711. tartott felkelése. E nyolcz év alatt állandó nyugtalanságban élt a város. Majd a kuruczok, majd meg a labanczok tartották megszállva s mindegyik félnek köteles volt élelmiszert adni, ajándékokkal kedveskedni és hadisarczot fizetni.
120De a polgárság szive azért állandóan a kuruczokhoz huzott és minden alkalmat megragadott, hogy Rákóczy iránt való hűségének kifejezést adjon. 1703-ban 5, a következő 1704. évben Károlyi Sándor felhivására 36 hajdut állított ki és kijelentette, hogy ha 36 hajdu nem elégséges, kész többet is állítani; jelentékeny mennyiségü zabot, szénát, kenyeret és több vágómarhát szállított a kuruczok táborába, 200 pár csizmát küldött Ocskay László kapitány csapatainak, Forgách Simon generálisnak pedig 32 forintos kocsit ajándékozott. Mindezt alig két hónap alatt és egész lelkesedéssel, de annál siránkozóbb hangon szólnak azon jegyzőkönyvi adatok, melyek az át-átvonuló császári tábornokok zsarolásainak emlékét őrzik.
Szombathely a császári hadak birtokában volt 1704 augusztustól 1705 novemberig, a midőn Bottyán Heiszler tábornokot Szt.-Gotthárdnál meggyőzvén, Pálffyt Szombathelyről megszalasztván, az év végére a dunántúli részeket Rákóczynak visszaszerezte. A város a következő 1706. év elején ismét a németek hatalmába került, az év végén azonban ujra a kuruczok lettek urak a területén. Andrássy Pál és Bezerédy Imre kuruczvezérek Szombathelyen szálltak táborba; a következő 1707. év elején maga Bottyán is megtelepült Szombathelyen, melynek lakói igaz örömmel fogadták, mint oly férfiut, ki a nép jogainak és javainak védelmére saját serege körében is üdvös fegyelmet gyakorolt. Bottyán alig két havi itt időzése után Pápára tette át főhadiszállását. Távozása után Rabutin vonult be Szombathelyre és azt Nehem parancsnoksága alatt főhadiszállássá tette. De nem maradhatott sokáig. Junius havában Bottyánnak seregei elől menekülnie kellett és hadaival Sopron felé vette utját. A császáriak pusztitásait megboszulandó, Bottyán felkelésre szólitotta fel a vidék nemességét és a közeli városok polgárait és a gyülekezés helyéül Szombathelyt tüzte ki.
Ezen felhivásra augusztus hó derekán mintegy 7000 fegyveres gyűlt össze Szombathelyen, a kikkel gyújtva és pusztítva Ausztriába tört, nagy rémületet keltvén mindenütt, különösen pedig a csendes vérű stájerek között, akik még napjainkban is borzalommal ejtik ki a kurucz nevet. Bottyán szeptember első napjaiban ismét bevonult Szombathelyre és a várost, a sebesültek és betegek menedékhelyét, különös ótalma alá vette. A bosszút bosszú követte. Bottyán ausztriai zavargásai hirére Stahremberg egész haderejével támadott Bottyánra, a ki a túlnyomó ellenség elől menekülvén, Stahremberg Szombathelyt elfoglalta és feldúlta.
A kuruczok szerencséje egyre hanyatlott és sem Eszterházy Antal, sem a gyászos véget ért vasmegyei Balogh Ádám nem állhatott többé ellen a német hadaknak, melyek 1710 augusztusában már kizárólagos uraivá lettek a dunántulnak.
