Kétségtelen hogy az érsekség felállításával egyidőben keletkezett Kalocsán a székesegyházi káptalan is. Ezt már az egyházmegyei berendezés intézményes rendszere megköveteli. A sok viszontagságban azonban, a melyeken Kalocsa átment, a káptalani levéltár elveszett és egyéb levéltárainkból is csak nagyon gyéren kerülnek elő adatok, melyek a káptalan történetét megvilágítanák.
Rupp Magyarország helyrajzi történetében úgy véli, hogy a káptalan első tagjai, világi papok hiányában, benczés szerzetesek voltak. Egyébként a káptalan ősi javadalmazása igen csekély lehetett, mert a Győr nembéli Saul érsek már 1198-ban a kanonokok megélhetését biztosítandó, kénytelen volt egyes helységek tizedeit a káptalannak átengedni s vagyonukat három érseki birtokkal megnövelni.
Azonban csapás csapást követett és a káptalan mindinkább elszegényedett. Valószínű, hogy a boszniai eretnekek garázdálkodását sínylette meg. V. Orbán pápa ugyanis 1368 május havában komolyan inti őket, hogy az egyházak, kivált a kalocsaiak, bántalmazásától tartózkodjanak. VI. Incze pápa pedig már előbb kénytelen volt a káptalan létszámát 12 kanonokról 6 kanonokra leszállítani. Ez a balsors állandó társul szegődött a káptalanhoz s csapásaival üldözte egész a XVIII. század első harmadáig, úgy hogy a káptalan, több évszázadon át, egyáltalában nem is állott fönn.
Mikor a nagy erélyű Csáky Imre lőn kalocsai érsekké, a Széchenyi Páltól megindított helyreállítási tervezések és munkálatok nagyobb erővel indultak meg. Csáky ismételten a királyhoz fordult, hogy a terveihez szükséges anyagi eszközöket biztosítsa magának. Hogy kérő szava annál súlyosabban essék a mérlegbe, saját elhatározásából, meghívta Kalocsára a váczi és a boszniai püspököket, hogy önszemükkel győződjenek meg a Kalocsán végbement pusztulásról. Ezt, a mint fennmaradt jelentéseik bizonyítják, a felszólítottak meg is tették. Nem volt ekkor Kalocsán sem székesegyház, sem káptalan s a hívők száma is csekély volt; szorgoskodásának meg volt az eredménye, mert Károly király meghagyta őt a nagyváradi püspökség székében is s így lehetővé tette, hogy az egyházmegye fellendülését nagyobb anyagi erővel indíthassa meg. Terveit azonban nagyobbára utódja Patasich Gábor valósította meg. Az ő nevéhez fűződik a káptalan helyreállítása is. Már 1733-ban foglalkozott e gondolattal, kijelentvén Károly királyhoz intézett egyik kérelmében: erős szándékom az is, hogy az érseki javadalom jövedelmeinek terhére a káptalant visszaállítom. És szavának állott. Már 1734 április 23-áról írja a királynak, hogy egyelőre négy rendes és két rendkívüli kanonokból kívánná a káptalant egybeállítani olyképpen, hogy a prépost, az érsekség jövedelméből, fajzási és legeltetési jogon kívül, évi 500 rénes forintot, a három rendes kanonok évi 400–400 forintot kapjon. A két rendkívüli kanonok megmaradna plebániájának élvezetében, ott laknék és működnék, de a káptalanban 244űlés és szavazás jogával bírna. Miután pedig terve megnyerte a király beleegyezését, Rómába fordult annak megerősítéséért, kérve, hogy a kiadandó bullában a prépost részére a főpapi jelvények használata, a kanonokoknak a „cappa és rochetta” viselésének joga adassék meg.
A pápai bulla, mely 1725 novemberében kelt, a kalocsai egyházmegye ujjászületésének keresztelő oklevele. A nagy alkotásoknak egész sorozatát foglalja magában. Helybenhagyja a Csáky Imre érsektől kezdeményezett alapokon a székesegyház építését, a Bor. Szent Károlyról elnevezendő papnevelő megalkotását és a kalocsai káptalan visszaállítását. Ez utóbbit egészben a Patasichtól megjelölt módon, s az új káptalan tagjainak a viola uszályos kiváltságos nagy kappa viselését engedte meg.