A kegyes fejedelemasszony 1660 ápr. 18-án és fia, II. György, ugyanazon év június 7-én meghalván, gyászos napok következtek a sárospataki főiskolára. Báthory Zsófia, II. György felesége, fiával I. Ferenczczel együtt, mindjárt 1661-ben visszatért a kath. vallásra és megvonta a főiskolától mindazon jövedelmeket és járandóságokat, melyeket Miksa király adománylevelében, Dobó Ferencz és Lorántffy Zsuzsánna végrendeletében biztosíttattak a számára. A főiskola pártfogói, élükön Bocskay István zemplénmegyei főispánnal, mint az iskola főgondnokával, mindent elkövettek a lefoglalt jövedelmek visszaszerzése végett. Miután a vakbuzgó és szívtelen asszony, a ki egészen a jezsuiták befolyása alá került, ismételt kérésökre is hajthatatlan maradt, sőt kigúnyolta őket: panaszukat felvitték az 1662-iki országgyűlésre, majd a király elé, de mind hiába volt. A lefoglalt jövedelmek ügyében kir. bizottság is ült össze Sárospatakon 1664 aug. 10-én, de a Wesselényi Ferencz nádor őszinte törekvésének sem lett semmi eredménye, a bizottságban levő kath. főpapok (Pálffy Tamás, Bársony György stb.), rideg felfogása miatt. Utoljára is az 1647. t. 14. §-a alapján perre került az ügy. A reformátusok meg is nyerték a pert, de a végrehajtást kir. letiltó parancs gátolta meg. Végre I. Rákóczy Ferencz apósának, Zrínyi Péternek közbenjárására, hihetőleg politikai czéljaira való tekintetből 1669 ápr. 26-án egyezségre lépett az iskolával és a birtokabeli protestánsokkal, de az egyezségi szerződés, melyet Zrínyi Péter is mint egyik tanú aláírt, a Wesselényi-féle összeesküvés felfedezése következtében felbomlott.