Az imént vázolt dunántúli események alatt maga Rákóczi a Duna mentén Duna-Földvár és Paks tájékán tartózkodott mintegy 6–7000 embert kitevő seregével. Itt kapta meg Forgách tábornok segélynyújtás iránti ismételt kérelmeit, de ő azokra nem reagált, mert ekkor már Bercsényi ellenzése dacára, elhatározta volt, miszerint ő maga indul a délvidéki rácok ellen, hogy azokat szétverje és az országból kikergesse.
Eleinte Rákóczi mindent megtett és nagy súlyt helyezett arra, hogy a rácokat, ezt a bár fegyelmetlen és garázda, de kitünő katonaanyagot szolgáltató népet a maga ügyének megnyerje, de e tekintetben nem tudott célt érni, mert azok következetesen a császáriak részén maradtak meg. A rácok egyrésze a császári seregtestek kötelékében harcoltak, más részük pedig önálló testekben, részint a császáriak hadműveleteit támogató, részint prédaszerzés céljából saját szakállukra kezdeményezett vállalatokban vettek részt. „A császári seregben Rákóczi ellen harcoló rác miliciánál – írja Markó, II. Rákóczi Ferenc a hadvezér című munkája 163. oldalán – még sokkal nagyobb pusztítást okoztak azok a garázda rác tömegek, amelyek… egész Nagykőrösig, Nagyváradig felhatolva, vandál módon pusztították az Alföldet és gyilkolták annak népét. Egyik főfészkük a Bácskában volt. Rákóczi megindítandó hadjáratának legközelebbi céljául tehát ennek a vidéknek megtisztítását tűzte ki s azután Szeged alá készült, hogy ezt a fontos pontot, mint az akkor még török hódoltság alatt lévő Tisza–Maros vidék végvárát, hatalmába kerítse.”
Június 29.-én indult el Rákóczi 4–5000 emberrel Baján át Bács felé. Katonái könyörtelenül pusztították a kezükbe került fegyveres rácokat s a szerb lakosságot sem kimélték. Közeledésének hírére egyébként a megriadt rác lakosság részint a Szerémségbe, részint a még török fennhatóság alatt álló temesi tartományba menekült. Egy részük a mocsaras vidékek nádasaiba húzódott, de a kurucok azokból nagyobbára kipörzsölték őket. Rákóczinak ugyan nem volt ínyére az efféle hadviselés. „Éreztem, hogy e hadjárat nem igen válik becsületemre, – írja emlékirataiban, – de nem akarta seregét a prédálásban korlátozni, hogy kedvét ne szegje.” Július 8.-án a korhadt falu, Bács alá érve, annak parancsnoka, Fluck ezredes az erődöt minden ellenállás nélkül, első felszólításra átadta. Innen tovább vonulva, 12.-én Titelnél szétverte a rácok ottani több ezer főnyi táborát, mire a vár is meghódolt. Innen Rákóczi seregével a Tisza mentén fölfelé haladva, július 21.-én Szeged alá ért és az oda visszavonult szerbeket nyomban megtámadta. A várost és a külső palánkokat ismételt megrohanással néhány nap alatt be is vette, de ahhoz kevés volt a reménye, hogy kevés és gyenge tűzérségével 400 császári katona, 3 torony, 4 bástya és mély árok által védett várat is elfoglalja. Mindazonáltal majd egy teljes hónapig kénytelen volt a város alatt maradni, mert súlyosan megbetegedett s e vidéken orvos nem lévén, azt a bányavárosokból kellett hozatnia. Ekközben vette hírét, hogy az erdélyiek július 6.-iki gyulafehérvári gyűlésükön fejedelmükké választották, de másrészt itt kapta meg azt a lesújtó hírt is, hogy a császáriak és szövetségeseik a francia-bajor seregen Höchstädtnél fényes diadalt arattak. „Ezen esemény – írja Rákóczi emlékirataiban – minden reménytől megfosztott, a bajor fejedelemmel egyesülhetnem; pedig ez volt az egyedüli alapja az általam megkezdett háborúnak, melynek nehézségeit előre látám vala.” És nem férhet hozzá kétség, hogy mind Rákóczi, mint Bercsényi főleg a francia-bajor sereggel való egyesülésre alapították a fölkelés sikere felől táplált reményeiket. Annál kellemetlenebbül érintette az említett hír Rákóczit, mert ő nem régen, augusztus 9.-én Michelt, a konstantinápolyi francia követnek néhány hónap óta nála tartózkodó titkárát, azzal az utasítással küldte Párisba, adná elő királyának, hogy, ha tőle gyors segély nem érkezik, úgy ő kénytelen lesz a császárral megbékülni, amit a nemesség is nagyon kezd már óhajtani, látván, hogy az igéretek nem teljesíttetnek. Jelentse továbbá királyának, hogy az ő serege jelenleg 5000 főre olvadt le, mert fölkelői zsoldot nem kapván, az utóbb bekövetkezett kedvezőtlen események után szétfutottak. Hogy ő a császáriaknak sikerrel ellenállhasson, legalább 15.000 főnyi zsoldos hadra volna szüksége; küldjön tehát ő felsége pénzt. Szükséges ezenkívül, hogy a király ezenfelül 6000 gyalogos és 2000 lovas albánt fogadjon melléje zsoldjába. Ez az a segély, melyet tőle a magyar nemzet vár; ha ezt s a szükséges pénzt megnem kapja, úgy kénytelen a békét elfogadni.
A lesújtó hírre való tekintettel mindenesetre kapóra jött Bercsényi üzenete, hogy siessen Gyöngyösre, a Bécsből érkezett újabb fegyverszüneti ajánlatok megvitatására. Egyben a temesvári pasától is kapott üzenetet Rákóczi, hogy miután a törökök Szegedet a karlovici békében kifejezetten Lipót császárnak engedték át, ha a kurucok oda bevonulnak, esetleg a törökök érdekeivel kerülnek összeütközésbe. Ezt Rákóczi ki akarta kerülni s így augusztus közepén elvonult Szeged alól.